Permítanme citar de la página Memory Alpha sobre transportadores, el énfasis es mío:
Desactivación de armas activas
En el siglo 24, el El transportador tenía la capacidad de desactivar cualquier arma activa durante el transporte. Esto podría lograrse eliminando la energía descargada de la señal del transportador o "desactivando" el arma en sí. El sistema de transporte incluía subrutinas de desactivación de armas para controlar el proceso. (TNG: "The Most Toys", "The Hunted", "Rascals")
El transportador también fue capaz de quitar las armas por completo durante el transporte, un escenario al que Starfleet se refiere como "Protocolo de transporte cinco". Cuando el Defiant transportó a los supervivientes de una nave Jem'Hadar dañada, el transportador estaba programado para eliminar los disruptores de la tripulación y otras armas. (DS9: "Hasta la muerte")
Entonces, sí, los transportadores de la federación de la era TNG tienen la capacidad de desactivar armas. Parece que esta capacidad tiene que estar habilitada explícitamente (y que también funciona con armas Ferengi); Permítanme citar la trama del episodio de TNG "Rascals":
[...] comienzan a usar combadges para transportar a los Ferengi detrás del campo de fuerza del transportador pad y el programa de desactivación de armas para desactivar sus armas.
La parte relevante del script para ese episodio es ...
83 INT. SALA DE LA ESCUELA (ÓPTICA) [...] JOVEN PICARD [...] El programa de desactivación de armas está en marcha ... Campo de seguridad del transportador en espera ... Estamos listos. [...] 84AB FERENGI # 1 (ÓPTICA) Mira el juguete con sorpresa ... luego de repente se DEMATERIALIZA. Un latido y luego se REMATERIALIZA en el escenario del Transporter. Ferengi # 1 está aturdido por un momento ... luego intenta abandonar el escenario, pero camina HACIA UN CAMPO DE FUERZA. Se sorprende y saca su arma, pero no funciona.
... y puedes ver la interfaz LCARS que usaron en ese episodio para habilitar la "subrutina de desactivación de armas" en esta captura de pantalla:
Y en cuanto al "protocolo cinco", permítanme citar el guión del episodio de DS9 "Hasta la muerte":
13 INT. DESAFIANTE - TRANSPORTER BAY [...] Las luces se iluminan. Sisko se vuelve hacia el Jefe de Transportadores. Protocolo cinco de SISKO Transporter. Engage. El jefe cumple y [...] seis Jem'Hadar, liderados por FIRST OMET'IKLAN, y un solo Vorta (WEYOUN) MATERIALIZE en la plataforma del transportador. Las manos de los Jem'Hadars están vacías pero colocadas como si llevaran armas. (De hecho, podemos ver pequeños destellos que permanecen en el lugar donde estaban las armas y luego se disipan.) Weyoun lleva una caja de metal cerrada con llave. [...] SISKO Si está buscando sus armas, se las quitaron en el transporte.
¿Por qué el protocolo de transportador cinco elimina las armas por completo cuando la subrutina de desactivación hubiera sido suficiente? No tengo idea. ¿Afectan también a las armas cuerpo a cuerpo (p. Ej., Espadas)? Tampoco tengo ni idea. En cualquier caso, los transportadores de la federación en la era TNG tienen la capacidad de detectar armas y desactivarlas o eliminarlas.
También tenga en cuenta que el Enterprise-D se lanzó el año 2363 (fecha estelar 40759.5), el USS Defiant se lanzó el año 2370 (fecha estelar 47538.5) y el USS Voyager se lanzó el año 2371 (fecha estelar 48038.5); podemos asumir con seguridad que toda la tecnología disponible para el Enterprise-D y el Defiant estaba disponible para el Voyager, incluidos los protocolos de seguridad del transportador.